Muzeum Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie rozpoczęło swą działalność jako Muzeum Akademii Ekonomicznej w Krakowie, wraz z inauguracją 80. jubileuszowego roku akademickiego. Zostało powołane uchwałą Senatu Akademii Ekonomicznej w Krakowie nr 28/2004 z dnia 30 września 2004 roku, a jego uroczystego otwarcia dokonał w dniu 5 października 2004 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski. 

Idea stworzenia Muzeum Akademii Ekonomicznej sięga 1975 roku, kiedy to Uczelnia obchodziła jubileusz 50-lecia swego istnienia. Zorganizowana została wówczas wystawa zatytułowana "Pół wieku Akademii Ekonomicznej w Krakowie", która prezentowała pamiątki, dokumenty i wydawnictwa dotyczące dziejów szkoły.

Aby zapobiec rozproszeniu tych obiektów, a także z myślą o mającym powstać w przyszłości muzeum - eksponaty zgromadzono następnie w specjalnie do tego celu utworzonym Gabinecie Pamiątek. Ten zalążek muzeum powołał do życia i prowadził przez blisko 30 lat mgr Józef Tracz (długoletni dyrektor administracyjny uczelni). Gabinet mieścił się początkowo w Budynku Głównym, w pokoju nr 125 zajmowanym przez dyrektora Tracza, a w 2000 roku został przeniesiony na poddasze Stróżówki. Przechowywane tam zbiory rozrastały się systematycznie, tworząc kolekcję, na bazie której w 2004 roku, z inicjatywy Rektora prof. dr. hab. Ryszarda Borowieckiego zainaugurowało swą działalność Muzeum Akademii Ekonomicznej w Krakowie.

Muzeum zadebiutowało otwarciem stałej ekspozycji zatytułowanej "Dzieje krakowskiej Akademii Ekonomicznej". Równocześnie z pracami nad wystawą Muzeum rozpoczęło opracowywanie swych zbiorów. Obiekty muzealne zostały uporządkowane i sklasyfikowane (we współpracy z Archiwum Uczelni). Zagrożone muzealia poddano konserwacji. Obecnie na bieżąco prowadzona jest inwentaryzacja zasobów Muzeum.

Od powstania Muzeum aż do 2015 r. opiekowała się nim mgr Marta Turmińska-Biały. Natomiast od września 2015 r. funkcję tę pełni historyk - dr Tadeusz Filar.

Od 2015 r. do zbiorów Muzeum została włączona kolekcja pamiątek dotyczących dziejów Uczelni i jej społeczności gromadzonych przez Kazimierza Gołdasa (1928-2009), syna pierwszych woźnych Uczelni i jej pracownika przez 57 lat – od 1945 r.

uek.krakow.pl