Muzeum Sportu prowadzi działy:
1. Dział Sportu miasta Olsztyna oraz sportu Warmii i Mazur - obejmujący historię poszczególnych dyscyplin sportowych i zawierający dokumenty, wydawnictwa, wycinki z gazet, albumy itp..
2. Dział „Ludzie Sportu” - obejmujący życiorysy, notatki biograficzne, fotografie i inne pamiątki zawodników, trenerów, sędziów i działaczy sportowych.
3. Dział dokumentacji fotograficznej.
4. Dział ogólny „Sport Polski” - obejmujący, na podstawie zbieranych materiałów i eksponatów oraz literatury, historię i osiągnięcia sportu polskiego.
5. Biblioteka - obejmująca wydawnictwa szkoleniowe, książki i pisma sportowe oraz wydawnictwa wspomnieniowe z beletrystyka sportową.
6. Wideoteka - obejmująca filmy sportowe z różnych imprez sportowych.