Wystawa mieści się w kaplicy pw. św. Karola Boromeusza – jedynym oryginalnym fragmencie dawnego budynku seminarium misjonarskiego, zaprojektowanego przez Tylmana z Gameren (1632 – 1706).

Kaplicę poprzedza niewielka kruchta na planie zbliżonym do kwadratu, zamknięta sklepieniem krzyżowym, opartym na czterech filarach. Prezentowane są tu meble z okresu XVI – XIX w., m.in. skrzynie, szafa w stylu holenderskim, sekretarzyk instarsjowany. Na uwagę zasługuje malowidło na desce „Triumf śmierci” z końca XVII w., będące unikatowym przedstawieniem tematu popularnego w okresie baroku. Interesującym zabytkiem jest również stół bankierski, służący do określania prób złota. Wejście do wnętrza kaplicy poprzedzają trzy kraty z monogramem i herbem prymasa Radziejowskiego, powstałe ok. 1700 r. Wyważona i elegancka kompozycja krat oparta jest na francuskich wzornikach, publikowanych w końcu XVII w. Ze względu na podobieństwo opracowania detali krata łączona jest z warsztatem kowalsko-ślusarskim warszawskiego misjonarza Mikołaja Tetera.

Sklepienie kaplicy, zbudowanej na planie prostokąta, ozdobione zostało freskami przez działającego  w Polsce, pochodzącego z Włoch, malarza królewskiego Michała Anioła Palloniego (1637 – 1712). Kaplica jest przykładem dzieła barokowego łączącego malarstwo z rzeźbą i architekturą.

Malowidła powstałe ok. 1695 r. ukazują życie i działalność biskupa Mediolanu, Karola Boromeusza (1538 – 1584), patrona zakonu misjonarzy, reformatora Kościoła oraz szkolnictwa kościelnego, fundatora seminariów. Freski nazywane „najpiękniejszymi na północ od Alp”, są przykładem malarstwa iluzjonistycznego i jedną z najciekawszych realizacji w Polsce. Zajmują powierzchnię ok. 360 m2, podzielone są gurtami na cztery przęsła oraz dwie ściany tarczowe. Przedstawiają następujące sceny:

• Procesja św. Karola Boromeusza podczas zarazy w Mediolanie.
• Św. Karol Boromeusz odwiedzający budowę gmachu szkolnego.
• Św. Karol Boromeusz rozdający jałmużnę i przygarniający sieroty.
• Św. Karol Boromeusz komunikujący zarażonych.
• Gloryfikacja i Wniebowzięcie św. Karola Boromeusza.

Poszczególne sceny ujęte są iluzjonistycznie namalowaną architekturą. Kolejność scen nie jest przypadkowa – skierowana była bowiem do przyszłych duchownych, kształcących się w seminarium. Scena budowy seminarium, nawiązująca do działalności Karola Boromeusza w zakresie fundacji, a przede wszystkim kompozycja „Wniebowzięcia…” miały ukazać sens kształcenia młodych kleryków. Wymowę malowideł podkreśla architektura: podział na przęsła, pilastry, dekoracja sztukatorska o motywach złożonych z liści, kwiatów, owoców, postaci i główek aniołów w pasie fryzu i belkowania.

We wnętrzu kaplicy prezentowane są XVII- i XVIII-wieczne meble, ceramika, szkło, wyroby rzemiosła artystycznego, rzeźba drewniana. Wśród dzieł malarskich na uwagę zasługują trzy malowidła na desce, tzw. filungi, będące fragmentem pierwotnego wyposażenia kaplicy (boazerie w zakrystii) oraz portret prymasa Krzysztofa Szembeka, datowany na lata1739-1748.

Kaplica jest nie tylko ekspozycją muzealną, ale też miejscem koncertów, uroczystości, spotkań okolicznościowych (np. wieczory autorskie, konferencje).