Na kolekcję muzealną składają się imponujące zbiory tkanin liturgicznych, złotnictwa, rzeźby, malarstwa, rysunku i grafiki. Na szczególną uwagę zasługują drzeworyty Albrechta Dürera z lat 1498-1511 („Apokalipsa”, „Żywot Marii” i „Pasja”.), współoprawnych w jedną księgę.

Ozdobą kolekcji malarstwa dawnego jest „Pokłon pasterzy” z 1575 r. włoskiego malarza Francesco Bassano. Malarstwo polskie reprezentują m. in. Matejko, Rustem, Simmler, Wyspiański, Pankiewicz, Malczewski, Vlastimil Hoffmann. Osobne miejsce w zbiorach zajmuje polskie malarstwo współczesne, a zwłaszcza sztuka niezależna z lat 80. XX wieku, w tym dzieła artystów emigracyjnych (Józef Czapski, Jan Lebenstein, Adam Kossowski).

W dziedzinie rzeźby gotyckiej wyróżniają się zwłaszcza znakomitej klasy Piękna Madonna z Dzieciątkiem z warsztatu Hansa Multschera (3. ćw. XV w) i powstała w pocz. XV w. figura Chrystusa z ruchomymi ramionami, przeznaczona do wielkanocnych obrzędów pasyjnych – jeden z nielicznych obiektów tego typu w Polsce.

Z kolei rzeźbę z początku XX w. reprezentują Antoni Madeyski i Henryk Kuna, a z czasów powojennych – Alfons Karny.Wśród szat liturgicznych znaczące miejsce zajmują ornaty wykonane z pasów kontuszowych oraz barokowe ornaty z plastycznym haftem figuralnym. Nie można też przeoczyć ornatu włoskiej roboty z fundacji królowej Cecylii Renaty, żony Władysława IV (1644).

W zbiorach złotnictwa na uwagę zasługują późnośredniowieczne monstrancje wieżyczkowe z pocz. XVI w. oraz XVIII. wieczne monstrancje promieniste z dekoracją figuralną o bogatym programie ikonograficznym, a przede wszystkim efektowny zestaw naczyń liturgicznych (kielich, ampułki i taca), zdobionych emalią ze scenami z Pasji dzieło augsburskiego złotnika Michaela Maira (ok. 1700 r.).

Muzeum może też poszczycić się bogatą kolekcją zegarów, na którą składają się zegary wolnostojące z pracowni londyńskich oraz holenderskich i gdańskich, a także interesujący zbiór zegarów kominkowych i kaflowych.