W skład wystawy przyrodniczej wchodzą spreparowane okazy ptaków, ssaków, ryb oraz gadów. Są to przykłady przyrody rodzimej, charakterystycznej dla Warmii i Mazur, ze szczególnym uwzględnieniem Puszczy Piskiej. Ekspozycja została uzupełniona o tła dźwiękowe z odgłosami zwierząt, które można usłyszeć w lesie.

Do najciekawszych eksponatów z kolekcji ptaków wchodzących w skład działu przyrody zaliczyć można bielika, niezbyt licznie występującego na naszym terenie, ale również na terenie całej Polski, orlika krzykliwego, kormorany. Bardzo interesujący jest okaz rybitwy czarnej należącej do gatunku mew, a także kilka rodzajów dzikich kaczek. Wśród ptactwa wodnego wyróżnić można ponadto łabędzia niemego, czaplę siwą, perkozy. Na wystawie obejrzeć można także ptaki żyjące w lasach czy na łąkach: słonki, kraski, sowy, łyski, dzikie gołębie, bażanty, jastrzębie, brodźce, bataliony oraz cietrzewie.

Ważną część wystawy stanowi wystawa oologiczna, prezentująca bogaty zbiór ptasich jaj. Kolekcję stanowią jaja ponad 70 gatunków ptaków, od największych jaj łabędzich i żurawich po małe sikory, pierwiosnka i szczygła.

Muzeum posiada także wiele eksponatów ssaków. Należą do nich m.in. norki, kuny leśne, dziki, wilki, borsuki, sarny, łasice, lisy oraz jenoty. Do największych okazów prezentowanych w muzeum należą jeleń oraz dzik i wilk.

Po modernizacji część przyrodnicza została uzupełniona o eksponaty mówiące o tradycjach łowieckich w Puszczy Piskiej. Bardzo interesującym obiektem jest ława myśliwska z XIX w. Ponadto można zobaczyć poroża jelenia, medaliony łosia i dzika, a także dwa wieńce byków splątane drutem kolczastym. Zwierzęta odnaleziono podczas rykowiska w 1980 roku koło Wejsun. 

Prezentowane eksponaty to spreparowane zwierzęta, które najczęściej były ofiarami zderzeń z samochodami, ginęły podczas prac rolnych i leśnych lub zostały odnalezione martwe w lesie. Ptaki zginęły na liniach energetycznych, zaplątały się i utopiły w sieciach rybackich czy kłusowniczych.