Merytorycznemu podziałowi ekspozycji na „serce’’ i otaczający go background historyczny
podporządkowana jest struktura architektoniczna muzeum.

W centralnej części muzeum, w „sercu”, zaprojektowana została wyizolowana przestrzeń ekspozycyjna, mająca symbolizować karmelitańskie „wyjście na pustynię”. Na jej zewnętrznej powierzchni zapisana została odręcznie w języku polskim i łacińskim pierwotna reguła karmelitańska, nadana przez św. Alberta, Patriarchę Jerozolimy. Wewnątrz obiektu znajdują się symboliczne cztery pustelnie: aranżowane plastycznie strefy tematyczne poświęcone duchowości karmelitańskiej, stwarzające zwiedzającym poczucie odosobnienia, kameralności i obcowania sam na sam z karmelitańskim ideałem. Wejście do symbolicznej pustelni – rozpoczyna plastyczny panel przedstawiający opis herbu karmelitów – syntezę karmelitańskiej duchowości.

Tak jak klasztor otoczony jest zewsząd ogrodem, tak „serce” muzeum – symboliczne cztery eremy – otacza przestrzeń poświęcona dziejom czerneńskiego klasztoru. Wchodzimy do ekspozycji poprzez salę aranżowaną na kształt klasztornej biblioteki, gdzie umieszczone zostały najstarsze eksponaty: ręcznie przepisywane modlitewniki i przedmioty ofiarowane klasztorowi przez fundatorkę. W monitorach przejrzeć można dokumenty związane z powstawaniem klasztoru i przywilejami nadawanymi klasztorowi przez królów m.in. Jana Kazimierza i Stanisława Augusta oraz poczytać fragmenty klasztornych kronik.

Na wielkich drewnianych stołach zaprezentowano przedmioty codziennego użytku należące do dawnych mieszkańców wspólnoty: małe lampki oliwne, zakonne dzwonki, kołatki, klauzurki, nożyczki brata zakrystianina, przybory pisarskie skryby zakonnego, konopne trepki, karmelitańskie dyscypliny, tabliczki do tzw. kolacji duchownych, matryce do wybijania medalików, kasy klasztorne i wiele innych.

Na szczególną uwagę zasługują eksponaty związane ze św. Rafałem Kalinowskim, dawnym przeorem klasztoru, którego prochy spoczywają na tutejszym cmentarzu: używany przez niego Mszał, kapa, ornat, stuła, pamiątki z zesłania na Syberię, krzyż profesyjny Świętego i jego pas pokutny.

W ostatnim pomieszczeniu ekspozycji wyświetlany jest film poświęcony zwykłym codziennym czynnościom mieszkańców klasztoru. Na jednej ze ścian twórcy ekspozycji przypominają o niektórych wybitnych mieszkańcach klasztoru w Czernej, m.in. o męczennikach okupacji niemieckiej bł. o. Alfonsie Marii Mazurku oraz br. Franciszku Powiertowskim. Fragment muzeum poświęcony został także Janowi Pawłowi II i jego związkom z Karmelem. Zwiedzających z pewnością zainteresuje korespondencja Karola Wojtyły z jego spowiednikiem z lat młodości karmelitą bosym o. Leonardem Kowalówką.