Wystawa przyrodnicza zajmuje cztery sale muzeum. Zasadniczym elementem dwóch pierwszych sal jest ekspozycja ptaków i ssaków. Pokazane są one w układzie środowiskowym. Poszczególne gabloty prezentują zwierzęta: lasów, pól i łąk, terenów zurbanizowanych oraz wód.

Wyeksponowano 126 gatunków ptaków oraz 24 gatunki ssaków. Możemy tutaj zobaczyć większość pospolitych gatunków ptaków występujących w okolicach Rogoźna, ale również ptaki rzadkie, jak: uszatka błotna, batalion, błotniak zbożowy, kląskawka, perkoz rdzawoszyi, sęp płowy, pójdźka, bernikla obrożna czy rycyk. Można też obejrzeć gatunki prowadzące skryty tryb życia, które łatwiej usłyszeć niż zobaczyć, jak: wodnik, kropiatka, derkacz, bąk, bączek czy przepiórka. Zgromadzone eksponaty umożliwiają też w przypadku wielu gatunków zapoznanie się z różnicami w wyglądzie związanymi z płcią, wiekiem oraz porą roku.

Wystawa ornitologiczna

Sala I i II

Jedną ze ścian pierwszej sali zajmuje zespół trzech map: Afryka, Europa, Polska, noszących tytuł „PTASIE POWROTY”. Jest to ekspozycja obrazująca wyniki obrączkowania ptaków w okolicach Rogoźna. Na mapach tych zaznaczono punkty stwierdzenia ptaków zaobrączkowanych w okolicach Rogoźna lub miejsca obrączkowania ptaków, które tutaj znaleziono lub zaobserwowano. Każdy punkt posiada kartę z dokładnymi danymi dotyczącymi okoliczności zaobrączkowania i ponownego stwierdzenia. Znajdziemy tutaj min. informacje o jaskółce dymówce zaobrączkowanej jako pisklę w Pruścach a złapanej przez ornitologów w Republice Południowej Afryki, o bocianie zaobrączkowanym w gnieździe znajdującym się 50km od Wiednia, który zagnieździł się w Boguniewie, o innym naszym bocianie zjedzonym w Sudanie, jaskółce zjedzonej w Kongo i wielu, wielu innych.

W oddzielnej gablocie na drugiej sali prezentowane są w układzie systematycznym inne zbiory faunistyczne. Kręgouste i ryby reprezentuje minog strumieniowy oraz 3 gatunki ryb. Eksponowane są tutaj 3 gatunki płazów ogoniastych: salamandra plamista, traszka grzebieniasta i traszka zwyczajna. Gady prezentowane na wystawie reprezentują trzy grupy tych zwierząt: żółwie (żółw błotny), jaszczurki (padalec) i węże (zaskroniec, żmija zygzakowata). Na wystawie zgromadzono 16 czaszek ptaków. Największa należy do bielika a najmniejsza do mysikrólika. Wśród czaszek ssaków (20 gatunków) możemy zobaczyć różnice w uzębieniu charakterystyczne dla różnych grup tych zwierząt. Największa czaszka należy do jelenia europejskiego a najmniejsza do zębiełka. Jaja ptaków prezentowane na wystawie należą do 31 gatunków. Największe do łabędzia niemego a najmniejsze do pełzacza. Na przykładzie jaj myszołowa zaprezentowano indywidualną zmienność wielkości, ubarwienia i kształtu jaj u jednego gatunku. Krajowe mięczaki na wystawie poznajemy na przykładzie muszli: 6 gatunków krajowych małży, 8 gatunków ślimaków wodnych i 8 gatunków lądowych. Niewątpliwą atrakcja jest perłoródka rzeczna – gatunek już wymarły na terenie Polski.

Portrety ptaków. Na zainstalowanym na wystawie monitorze prezentowany jest pokaz portretów ptaków występujących w okolicach Rogoźna. Są to zdjęcia ptaków wykonywane w czasie ich obrączkowania. Można tu obejrzeć ponad 100 gatunków ptaków wykonane w różnych porach roku. Pokaz ten stanowi uzupełnienie wystawy, pokazując zarówno gatunki obecne na wystawie jak i wiele, których na wystawie nie zobaczymy.

Paleontologia
Odrębną część wystawy przyrodniczej stanowi wystawa szczątków roślin i zwierząt z minionych epok geologicznych. Znajdziemy tu min. odciski paprotników oraz fragmenty skamieniałego drewna; skamieniałości gąbek, jamochłonów, ramienionogów, amonitów, belemnitów, trylobitów, liliowców i jeżowców. Są tutaj również szczątki zwierząt wymarłych stosunkowo niedawno: nosorożca włochatego, mamuta włochatego, lwa jaskiniowego i tura.

Wystawa geologicza

Sala III

Przechodząc do trzeciej sali, zwiedzający odbywa niezwykłą wędrówkę w czasie by poznać historię Ziemi zapisaną w kamieniu. Ta część stałej wystawy przyrodniczej prezentuje świat minerałów i skał. Zwiedzający może podziwiać bogactwo barw i rozmaitość kształtów mineralnego świata. W 9 podświetlanych gablotach można zobaczyć 109 różnych minerałów reprezentowanych przez 315 okazów i 57 skał przedstawionych przez 105 okazów.

Eksponowane na wystawie minerały zostały pogrupowane pod względem składu chemicznego na 9 gromad (pierwiastki rodzime, siarczki, halogenki, tlenki, węglany, siarczany, fosforany, krzemiany i związki organiczne) i prezentowane są w 6 gablotach.

Wśród przedstawicieli pierwiastków rodzimych zobaczymy miedź, siarkę i grafit, który jest czystą odmianą węgla występującą w przyrodzie.

Siarczki reprezentowane są przez sześciany pirytu, igiełkowe skupiska kryształów antymonitu oraz syderyt, nikielin, chalkopiryt, arsenopiryt, aurypigment, realgar i lelingit.

Halogenki na wystawie reprezentuje najbardziej znany z codziennego życia minerał czyli hali (sól kamienna) i jeden z twardszych minerałów w kilku odmianach barwnych jakim jest fluoryt.

Węglany, czyli sole kwasu węglowego reprezentują na wystawie: kalcyt, ciekawe skupiska aragonitu, błękitny azuryt, syderyt, tarnowskit, cerusyt, rodochrozyt, stroncjanit, galman węglanowy i popularny w jubilerstwie kamień ozdobny jakim jest zielony malachit.

Kolejne dwie gromady minerałów jakie możemy zobaczyć na wystawie geologicznej to siarczany reprezentowane przez różne odmiany gipsu i fosforany z jedynym przedstawicielem w postaci wavellitu

Szczególnym zainteresowaniem zwiedzających cieszą się minerały z gromady krzemianów najliczniej reprezentowane na wystawie. Stanowią one przeszło 90 % masy skorupy ziemskiej, a bogactwem barw i kształtów zachwycają każdego, kto na nie spojrzy. Zobaczymy m.in. różne odmiany kwarcu, opale, karneole, awanturyny, granaty i wielobarwny agat. Bardzo ciekawie prezentują się na wystawie oszlifowane plastry agatowe z Brazylii, szczotki z kryształami ametystu i kwarcu oraz geody kwarcowe.

Przegląd minerałów kończą substancje organiczne reprezentowane przez bursztyn z okolic Szamotuł, jasną odmianę bursztynu bałtyckiego i bursztyn z inkluzją owadzią z rzędu muchówek.

Pozostałe 3 gabloty zawierają okazy skał podzielone ze względu na sposób i miejsce powstania na magmowe, metamorficzne i osadowe. Wśród skał magmowych zobaczymy m.in. granit, sjenit, pegmatyt, melafir, obsydian inaczej szkło wulkaniczne, andezyt, bazalt i trachit. Skały osadowe na wystawie reprezentują: dolomit, margiel, ił, wosk ziemny, ruda darniowa, różne wapienie i piaskowce oraz krzemień pasiasty nazywany polskim diamentem.

Wśród skał metamorficznych (przeobrażonych) zobaczymy m.in. różne marmury, łupki i gnejsy.

Wystawę uzupełniają antyramy ze zdjęciami i opisami najstarszej skały użytkowej, najpospolitszego minerału i najcenniejszej skały osadowej występującej w Polsce.

Wystawa owadów

Sala IV

Przechodząc do czwartej sali stałej wystawy przyrodniczej zwiedzający poznaje kolorowy i niezwykle różnorodny świat owadów.

W 13 gablotach eksponowane są zbiory owadów o charakterze historycznym zebrane przez Brunona Maske i pochodzące z początku XX wieku. Cała kolekcja składa się z ponad 500 gatunków różnych owadów reprezentowanych przez blisko 1000 okazów. W zbiorach tych zobaczyć można owady egzotyczne, m.in. największego na świecie motyla tysania agripina. W następnych gablotach eksponowane są motyle dzienne oraz efektowne motyle nocne, m.in. największe krajowe motyle, takie jak pawica gruszówka i zawisak zmierzchnica trupia główka, który jest jednocześnie najcięższym motylem europejskim (waży 10 gram). Poza motylami zobaczymy bogaty zbiór chrząszczy reprezentowany m.in. przez biegacza złotego i liszkarza tęcznika przedstawicieli biegaczowatych o metalicznie zielonych pokrywach oraz biegacza skórzastego, który jest największym gatunkiem tej rodziny. Uwagę zwiedzających przyciąga także pływak żółtobrzeżek duży, drapieżny chrząszcz z rodziny pływakowatych oraz kałużnica czarnozielona największy krajowy chrząszcz wodny z rodziny kałużnicowatych. Wśród przedstawicieli innych owadów zobaczymy ważki, pluskwiaki, błonkówki i muchówki.

W kilkunastu kolejnych gablotach znajduje się zbiór ukazujący bogactwo i zróżnicowanie owadów gminy Rogoźno na przykładzie motyli. Zwiedzający może się przekonać jak bogaty świat motyli istnieje wokół nas. Wśród najbardziej znanych wszystkim motyli dziennych można zobaczyć okazałego pazia królowej, kolorowe rusałki, błękitne modraszki czy zwykłe bielinki wśród których jest najdłużej żyjący motyl w Europie – latolistek cytrynek. Pozostałe gabloty wypełnione są przez motyle nocne, potocznie zwane ćmami. Wśród nich najbardziej charakterystyczne są zawisaki, m.in. największy gatunek spotykany na terenie gminy Rogoźno – zawisak powojowiec o rozpiętości skrzydeł dochodzącej do 12 cm. Możemy zobaczyć także niewielkiego fruczaka gołąbka, który w przeciwieństwie do innych gatunków z tej rodziny jest aktywny w dzień. Motyl ten nie siada na kwiatach lecz zawisa nad nimi niczym koliber szybko poruszając skrzydłami (stąd nazwa rodziny – zawisaki). Motyle nocne ze względu na swój tryb życia są znacznie mniej znane i rzadziej obserwowane niż motyle dzienne dlatego też prezentowane na wystawie gatunki pozwalają bliżej poznać ich różnorodność. Zbiory entomologiczne uzupełnione są posterami, na których pokazane są osobliwe sposoby życia owadów. Natomiast na monitorze prezentowane są zdjęcia przedstawicieli różnych gatunków owadów wykonane w czasie badań terenowych w gminie Rogoźno.