Gabinet Numizmatyczny został założony w 1883 roku. Skromny początkowo zbiór rozrastał się głównie dzięki hojności prywatnych ofiarodawców, np. Henryka Bukowskiego. Darowizna kolekcji Emeryka Hutten-Czapskiego dokonana w 1903 roku spowodowała radykalną zmianę rangi Gabinetu, który stał się posiadaczem najbardziej reprezentatywnego zbioru monet i medali i banknotów polskich z szeregiem unikatów (np. denar Bolesława Chrobrego GNEZDVN CIVITAS czy dukat Władysława Łokietka).

Wkrótce napłynęły dalsze dary, w tym zespoły monet pochodzące ze skarbów (Dzierznica, Pełczyska). Obiekty pozyskiwano także dokonując zakupów oraz wymieniając dublety. Po II wojnie Gabinet wzbogacił się o kolejne darowizny, m.in. Karola Halamy - monety antyczne, Jadwigi i Andrzeja Kleczkowskich (po Zygmuncie Zakrzewskim) - monety piastowskie, czy w ostatnich latach dary Lecha Kokocińskiego - m.in. monety antyczne i fałszywe, Williama Stancomba, Jacka Budyna, Tadeusza Zawadzkiego, Mirosława Kruszyńskiego i Jana J. Kołeckiego. Kolekcja jest w dalszym ciągu również wzbogacana zakupami.

Obecnie zbiór Gabinetu liczy około 109 tysięcy obiektów. Składają się na niego m.in.: monety antyczne (ok. 9000), polskie i obce (ok. 60 000), medale (ok. 7000), medaliki religijne (2646 sztuk), banknoty (ok. 19 000), varia (ok. 6200 obiektów) i depozyt (ok. 4400).

Spośród obiektów antycznych na uwagę zasługują monety greckie epoki archaicznej, aleksandryjskie oraz celtyckie. Najliczniej reprezentowane są monety cesarstwa rzymskiego.

W zbiorze monet polskich szczególnie cenny jest zespół denarów pierwszych Piastów, brakteatów hebrajskich Mieszka III, groszy Kazimierza Wielkiego, pierwszych polskich monet złotych i talarów oraz donatyw gdańskich i toruńskich (XVI-XVII wiek). Z grupy numizmatów historycznie z Polską związanych należy wymienić monety krzyżackie, pochodzące z lenn nadbałtyckich, sasko-polskie oraz monety prywatne i zastępcze.

Licznie reprezentowane są banknoty, wśród których należy wyróżnić pierwsze polskie rodzime pieniądze papierowe z czasów powstania kościuszkowskiego 1794 roku, banknoty Królestwa Polskiego oraz bony zastępcze i papiery wartościowe.

Kolekcja medali (XVI-XX wiek) obejmuje przede wszystkim medale polskie (królewskie i prywatne) oraz obce, w tym dzieła najwybitniejszych artystów z tej dziedziny: Samuela Ammona czy Sebastiana Dadlera.

W zbiorze variów znajduje się m.in. unikatowy zestaw dziewiętnastowiecznych stempli majnertowskich, służących do fałszowania monet, kolekcja monet fałszywych, czy przykłady pieniądza przedmiotowego. W Gabinecie przechowywana jest także kolekcja monet, banknotów i medali obcych.

Zbiory numizmatyczne oraz biblioteka są udostępniane do celów badawczych osobom szczególnie zainteresowanym po uprzednim porozumieniu i ustaleniu terminu z pracownikami Gabinetu.