Stała ekspozycja Muzeum AK jest poświęcona Polskiemu Państwu Podziemnemu i jego sile zbrojnej – Armii Krajowej. Ideą wystawy jest przedstawienie całościowego obrazu polskiego podziemia czasów wojny, wraz z jego duchową genezą obejmującą Polskę międzywojenną oraz kształtem dziedzictwa patriotycznego we współczesnej Polsce.

Misją ekspozycji, powstałej w ramach współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej projektu „Rewaloryzacja i adaptacja budynku przy ul. Wita Stwosza 12 w Krakowie dla potrzeb Muzeum Armii Krajowej”, jest:
– ukazanie życia narodu, który pod okupacją niemiecką i sowiecką kontynuował byt państwowy w postaci Polskiego Państwa Podziemnego, ukazanie fenomenu Armii Krajowej jako części Polskich Sił Zbrojnych podległych Rządowi Polskiemu na Uchodźstwie i zarazem siły zbrojnej Polskiego Państwa Podziemnego,
– ukazanie osobistego wymiaru wojny poprzez losy poszczególnych osób ze szczególnym uwzględnieniem żołnierzy AK, ich postaw, motywacji i działań.

Zgodnie z przyjętym scenariuszem historycznym, nowoczesna ekspozycja – wzbogacona środkami multimedialnymi – jest podzielona na tematyczne przestrzenie wystawiennicze.

Na parterze zwiedzający może poznać historię II Rzeczpospolitej, przebieg kampanii wrześniowej i życie w obozach jenieckich oraz zobaczyć m.in. rekonstrukcję czołgu Vickers oraz baraki dla jeńców. W przestrzeni dotyczącej dwóch okupacji – niemieckiej i sowieckiej – przez pryzmat setek dokumentów i pamiątek z lat wojny (np. naboje i pagony oficerskie przywiezione przez żołnierza AK z katyńskich mogił) zwiedzający może poznać realia życia codziennego, terror, politykę germanizacyjną.

Zasadnicza część wystawy dotycząca Polskiego Państwa Podziemnego i Armii Krajowej znalazła się na poziomie -1 (Polskie Państwo Podziemne, Służba Zwycięstwu Polski – Związek Walki Zbrojnej – Armia Krajowa, Szkolenie wojskowe, Łączność, Kobiety – żołnierze, Biuro Informacji i Propagandy, Kwatermistrzostwo, Cichociemni, Wywiad, Dywersja i sabotaż, Partyzantka, Duszpasterstwo, Akcja „Burza” i Powstanie Warszawskie, Epilog – Zdradzona armia). 

Można tutaj nie tylko zobaczyć setki zdjęć i pamiątek (w tym Dziennik mjr. „Hubala”), ale też dotknąć kadłuba brytyjskiego Halifaxa, który dokonywał zrzutów dla żołnierzy AK, obejrzeć wnętrze rakiety V-2, której rozpracowanie było największym sukcesem wywiadu AK, czy znaleźć się w ubeckim karcerze. 

W skali kraju Muzeum Armii Krajowej, obok Muzeum Powstania Warszawskiego, jest najważniejszym muzeum czynu zbrojnego Polski Walczącej w XX wieku, jest też jedyną tego typu placówką na świecie, ukazującą całokształt tematyki związanej z Armią Krajową i Polskim Państwem Podziemnym.