Ekspozycja stała obejmuje: kolekcję dawnej rzeźby i malarstwa ludowego zwyczaje i obrzędy regionu bocheńskiego, kultury pozaeuropejskie (Afryka, Ameryka Pd., Azja), archeologię regionu, dzieje Bochni ze szczególnym uwzględnieniem Kopalni Soli, pamiątek cechowych, powstań narodowych, historii miejscowego szkolnictwa, tradycji piśmiennictwa i drukarstwa bocheńskiego.
Prezentuje także judaika oraz galerię malarstwa polskiego XIX – XX w., (T. Axentowicz, O. Boznańska, J. Fałat, S. Filipkiewicz, A. Karpiński, J. Malczewski, T. Makowski, J. Stanisławski, W. Tetmajer, K. Tichy, W. Wodzinowski, L. Wyczółkowski), malarstwa bocheńskiego XIX – XX w. (S. Fischer, K. Gulik, F. Hanusz, T. Łosik, W. Kasprzyk, S. Klimowski, K. Mien, F. Mollo, F. Pilarz, M. Samlicki, B. Serwin, L. Stasiak), portret polski i obcy XVII – XX w.
Muzeum organizuje liczne wystawy zmienne ze zbiorów własnych i innych. Współpracuje z wieloma muzeami i innymi instytucjami kultury w kraju a także za granicą, m. in. z Muzeum Narodowym w Krakowie, Biblioteką Jagiellońską, Muzeum w Kieżmarku (Słowacja), Muzeum Spiskim w Lewoczy (Słowacja) i Muzeum w Bad Salzdetfurth (Niemcy).