Część ekspozycji na pierwszym piętrze poświęcona jest lekowi naturalnemu. Znajduje się tutaj materia medica, czyli surowce lecznicze pochodzenia naturalnego służące do sporządzania leków. Jest tu materia medica vegetabilis, czyli roślinne surowce lecznicze oraz materia medica animalis, czyli zwierzęce surowce lecznicze. Jest również materia medica homeopatica, czyli zestaw do produkcji leków homeopatycznych. Surowce mineralne wyeksponowane są w jednym z pomieszczeń piwnicznych.
Znajduje się tutaj także rekonstrukcja gabinetu aptekarza, który połączony był z salą ekspedycyjną otworem w podłodze, który służył jako "domofon". W gablotach mieszczących się w gabinecie zgromadzono sprzęt używany w aptekach do XIX w.: tabletkarki, pigulnice, alembiki, moździerze metalowe i ceramiczne, kwarty, jak również różnego typu wagi (ręczne, szufladkowe, szafkowe). Na uwagę zasługuje ceramiczna chińska misa do flebotomii (upustów krwii) z XIX w.