Muzeum i jego wystawa funkcjonują w dziewiętnastowiecznym budynku dawnej bożnicy przy ulicy Kwiatka 7. Tutaj jeszcze niecałe dziewięćdziesiąt lat temu religijni żydowscy mieszkańcy Płocka modlili się, a ich dzieci poznawały tajniki świętych ksiąg. Po II wojnie światowej, zamiast ławek z krzesłami dla tych religijnych maluchów, stanęły maszyny dziewiarskie, działała spółdzielnia krawiecka. A teraz jest tu Muzeum Żydów Mazowieckich, które od 2013 roku snuje opowieść o historii i tradycji żydowskiej w Płocku, na Mazowszu, w Polsce.

Multimedialna wystawa przy Kwiatka opowiada o dziejach  osadnictwa żydowskiego na ziemiach polskich – od samych jego początków aż po współczesne odrodzenie kultury żydowskiej w Polsce. Przestrzeń wystawy podzielona jest na trzy główne strefy tematyczne: przedsionek, pomieszczenie Holokaust i salę główną. W przedsionku prezentowana jest historia Żydów na Mazowszu. W sali głównej prezentowane są – w nowoczesnej multimedialnej formie – elementy kultury Żydów w Polsce na przykładzie kuchni, muzyki, świąt i zwyczajów oraz architektury żydowskiej. Część poświęcona zagładzie zbudowana jest na bazie książki „Kartki z pożogi” Symchy Gutermana i archiwalnych fotografii.

Dopełnieniem ekspozycji jest multimedialne widowisko wyświetlane w oknach sali głównej Małej Synagogi.

Wyjątkowym eksponatem jest szafa aron ha-kodesz, szafa ołtarzowa, zwana „świętą arką”, która powróciła do dawnej bożnicy. Swoją nazwą nawiązuje do biblijnej Arki Przymierza, w której Izraelici umieścili tablice z Dziesięciorgiem Przykazań. W szafie przechowywane są zwoje Tory, nawinięte na wałki, spisane ręcznie w języku hebrajskim na pergaminie. Płocka szafa powstała w pierwszej połowie XIX wieku, po 1830 roku.