Wśród historycznych obiektów w dziale malarstwa godne obejrzenia są trzy wczesnorenesansowe epitafia Juliana Chełmskiego, Jana z Oświęcimia i Jana Sacrana malowane temperą na desce, w kunsztownych złoconych obramowaniach.

W zbiorach znajduje się również portret króla Polski Stefana Batorego pędzla Marcina Kobera z 1583 roku. Obraz ofiarowany po śmierci króla przez Annę Jagiellonkę (1523–1596) do jego kaplicy grobowej w katedrze na Wawelu. Od końca XVIII w. w posiadaniu Zgromadzenia Księży Misjonarzy, najpierw w seminarium zamkowym, następnie w seminarium Stradomskim.

Pochodzący z Wrocławia Marcin Kober, po odbyciu wędrówki czeladniczej po Niemczech, przybył do Polski w 1583 r. i został malarzem króla Stefana Batorego (1533–1586), następnie pracował dla cesarza Rudolfa II (1552–1612), a później dla Zygmunta III Wazy (1566–1632). Zaliczany do najwybitniejszych w Europie Środkowej malarzy swoich czasów, świadectwo swych wielkich możliwości artystycznych dał zwłaszcza w portretach. Przedstawiał w nich przede wszystkim władców panujących i ich najbliższych, ale ze źródeł wynika, że malował także przedstawicieli szlachty. Jego świetne realizacje przyczyniły się do okrzepnięcia w Polsce monumentalnej formuły portretu reprezentacyjnego.

Portret Stefana Batorego stanowi znakomity przykład tego rodzaju wizerunku, realistycznie przedstawiającego twarz oraz barwy i dekoracyjność szat króla, który mimo braków atrybutów władzy prezentuje w całej swej postaci majestat królewski.

Władca w dostojnej pozie, zwrócony nieco w prawo, w prawej dłoni trzyma białą chustę, lewą wspiera się na biodrze. Ubrany w żupan z wzorzystej, czerwono-złotej tkaniny, spodnie i żółte buty oraz długą do kostek, czerwoną delię z futrzanym kołnierzem. Na głowie magierka ze szkofią. Tło ciemne, oliwkowoczarne, z fragmentem ciemnoszmaragdowej draperii.

Epitafium Jana Sakrana

Jan z Oświęcimia (1443–1527)

W latach 1467–1475 przebywał w Rzymie. Po powrocie do Polski przyczynił się znacząco do propagowania humanizmu w naszej ojczyźnie. Przyjął wtedy nazwisko Sakran (Sacranus). Kilkakrotnie pełnił funkcję rektora Akademii Krakowskiej. Był nadwornym teologiem i spowiednikiem królów: Jana Olbrachta (1459–1501), Aleksandra Jagiellończyka (1461–1506) i Zygmunta I Starego (1467–1548). Zgodnie z testamentem Sakrana, Akademia Krakowska otrzymała po śmierci jego bogatą bibliotekę.

Pod obrazem znajduje się malowany napis, którego autorem jest poeta biskup Andrzej Krzycki:

„Conditur hoc tumult speciosi cultor honesti: / Sacranus: studii nec minor ille sacri / Quem non ante diem: sed euntibus ordine fatis / [Contigit id paucis], abstulit atra dies / Ante poliquam regna adiit pallas tulit illi / Dona sua: et charitas dat simul alma venus, / Scilicet: ut donis tantis memorabile posset / Perpetuumq[ue] decus conciliare sibi / Retorices studium confert hanc primus in urbem / In teneram pubem: non sine laude docet / Non adeo phebum satyri nec tam orphea silvae / Q[ua]m sequitur q[ue] colirq[ue] hunc studiosa choors / Illius ori inerat dulcis facundia: per quam / Ad summum evasit conspicuumq[ue] decus / Regibus et nostris qui dant sua premia laudi / Condecorantq[ue] bonos: non nisi cha rus erat / Abs qui bus ampla tulit meritis pro ingentib[us] ille / Munera: quae plebem contulit intenuem / Post ubi parca Xerox fatalia stamin[em] rupit / Spiritus astra adiit: membra teguntur humo”

Dzięki efektom światłocienia, precyzyjnemu rysunkowi i oddaniu specyficznego klimatu towarzyszącemu przeżywaniu cierpienia, śmierci i nadziei zbawienia niewątpliwie można zaliczyć to epitafium do najlepszych artystycznie i najbardziej ekspresyjnych dzieł malarstwa krakowskiego 1. połowy XVI w. Należy ono do nielicznych epitafiów z tego okresu znajdujących się na terenie Małopolski. Zdaniem Walickiego, interesujące ikonograficznie jest umieszczenie na tym obrazie aż trzech świętych Janów, którzy symbolizują następujące cnoty zmarłego: Ewangelista – miłość wierną, Jałmużnik – miłosierdzie, Chrzciciel jako święty prostujący ścieżki, który poleca Jezusowi osobę zmarłego.

W prawej części obrazu Chrystusa Boleściwego podtrzymuje św. Jan Ewangelista. Po lewej stronie Jezusa stoi opłakująca go Matka Boża, za nią św. Jan Chrzciciel z Barankiem na księdze. Wskazuje on na postać kanonika Jana Sakrana, klęczącego poniżej. Za Janem Chrzcicielem umieszczony został św. Jan Jałmużnik. Obok Sakrana, który adoruje Chrystusa, znajduje się tarcza z jego herbem – Wieniawa. W mrocznym, rozjaśnionym na horyzoncie tle gęste drzewa, za którymi pojawiają się zarysy wzgórza z obronnym zamkiem. Renesansowe obramienie typu architektonicznego, z pilastrami podtrzymującymi belkowanie; na jego fryzie malowana dekoracja z dwoma gryfami i wicią roślinną.

Epitafium Melchiora Sobka

Melchior Sobek (zm. 1542)

Obraz przedstawia Pokłon Trzech Króli. Scena pokłonu rozgrywa się w szerokim pejzażu z ośnieżonymi górami i zielonymi pagórkami w najdalszym tle, wśród których widnieje drobna figurka patrzącego w górę, na gwiazdę, pasterza z owcami. Są też drzewa, zarówno liściaste, jak i szpilkowate na planie pośrednim. Widać też niebo pokryte charakterystycznymi, wrzecionowatymi obłokami.

Epitafium Melchiora Sobka

Inskrypcja: „ad tumulum R[everendissimi] D[omini] Melchioris Sobek Canonici Cracovien[sis] / Cervus: / Melchior, o dulcis mi Melchior te quod acerbos / Fraudis gemitus ad tua busta meos / Kapte michi, nondum canis, vidat[us] ab annis / E vite medio tramite, capte michi / Melchior / Cerite mei custos generis: quid fata guerelis / Frustra sollicitatis clausa ad amante tuis / Viri quid refert q[ue] sum cito mortuus: omnes / Serior aut cicior, for tamen equa manet / Parce igitur lachrimis: fratrem tibi nonne reliqui / tertia discessus, leniat ille mei. / Hunc michi fac ferres dum vitam transigat illam / Tercia que vite pars, solet esse tue, / Sit aurata levi quam fers cervite coronam / Illustrat collum secula multa tuum”.

Pierwotnie umieszczony w kaplicy Świętej Trójcy przy katedrze na Wawelu. Od końca XVIII wieku w posiadaniu Zgromadzenia Księży Misjonarzy, najpierw w seminarium zamkowym, następnie w seminarium Stradomskim prowadzonym przez misjonarzy.

Na pierwszym planie znajduje się czterokolumnowa loggia o kolumnach stojących na wydatnych bazach. Przed tą budowlą klęczy ujęty w partii od kolan, znacznie mniejszy od pozostałych postaci, widoczny z profilu kanonik w 

pelerynce i albie. W ręku trzyma biret. U jego kolan znajduje się tarcza z herbem Brochnicz. Pod baldachimem siedzi Maria z Dzieciątkiem, za nią św. Józef. Najstarszy król, który klęczy przed Jezusem, wręcza na tacy dar, na dalszym planie stoją dwaj monarchowie, lewy ciemnoskóry.

Stroje i pozostałe rekwizyty noszą cechy aktualizacji. Ubiory trzech królów można wyprowadzić ze współczesnej mody i ikonografii zarówno sakralnej, jak i świeckiej.