Na parterze budynku zaprezentowano okres prahistoryczny oraz średniowiecze. Toruń ukazany jest tu jako miasto hanzeatyckie, w którym kwitł handel i rzemiosło, w warsztatach powstawały naczynia, buty, przedmioty codziennego użytku, a Wisłą spławiane były towary do odległych miejsc. Na wystawie nie pominięto także historii bardziej rzemieślniczego w swym charakterze Nowego Miasta Torunia – założonego, podobnie jak Stare Miasto, przez Krzyżaków. Chętni mogą sfotografować się w stroju rycerza zakonnego.
Na piętrze, na które wiedzie klatka schodowa z ciekawą prezentacją najważniejszych wydarzeń z dziejów miasta, przedstawione są czasy nowożytne. Oprócz eksponatów takich jak monety, dokumenty, stroje czy autentyczne wywieszki cechowe obejrzeć tu można multimedialną prezentację o wojnach polsko-szwedzkich czy samodzielnie zbudować z drewnianych elementów kościół katolicki i ewangelicki.
Spacer po kolejnych kondygnacjach przenosi zwiedzających w czasy zaboru pruskiego oraz okresu Księstwa Warszawskiego – zebrano tu m.in. kolekcję broni, dokumenty, pieczęcie. Dla Torunia jest to okres budowy twierdzy – obiektu, który fascynuje do dziś. Na znajdującym się w sali stole sztabowym wyświetlane są multimedialne plany fortyfikacji. Drugie piętro to również miejsce prezentacji pamiątek z okresu odzyskania niepodległości, sylwetek prezydentów miasta czy fotografii lotniczych Torunia. Bardzo ciekawe są świadectwa codziennego życia torunian w okresie międzywojennym, jak choćby reklamy i foldery miejscowych kin. Całości dopełnia unikatowy film z lat 30. ukazujący ówczesny Toruń. Na wystawie nie mogło oczywiście zabraknąć pamiątek z czasów II wojny światowej – zdjęć z okresu okupacji, świadectw konspiracji, eksterminacji. Cennym eksponatem jest jedna z kilku zachowanych w Polsce maszyn szyfrujących Enigma.
Wizytę w Muzeum Historii Torunia kończy, sentymentalna dla wielu osób, podróż w czasie do Torunia z epoki PRL-u. Zgromadzone tu klasyki ówczesnego designu ukazane na tle fotografii z czasu budowy największego toruńskiego osiedla z wielkiej płyty, wspomnienia dotyczące toruńskiego sportu oraz kultury i sztuki ukazują zachodzące zmiany społeczne. W tej części wystawy opowiedziano także o trudnych przemianach politycznych lat powojennych.