Toruńskie pierniki są ściśle związane z tradycją i dziejami Torunia. Ich historia sięga XIV wieku, a nazwę wiąże się ze staropolskim określeniem „pierny”, czyli „pieprzny”.
Już sam budynek jest wyjątkowy. Jako jeden z najstarszych obiektów przemysłowych w regionie jest świadkiem zmian technologicznych i dynamicznego rozwoju, jaki dokonał się w tym miejscu. Stanowi tym samym doskonałą przestrzeń do prezentacji zabytkowych eksponatów, wśród których na szczególną uwagę zasługuje kolekcja drewnianych form piernikarskich z XVII-XX wieku. Formy zostały zaprezentowane kompleksowo, z uwzględnieniem szerokiego spektrum motywów. Ukazują zarówno mistrzostwo snycerki, jak i artyzm korzennych wypieków.
Kolekcję podziwiać można w sali na najniższej kondygnacji, gdzie zwiedzający mogą przekonać się jak dawniej wypiekano pierniki i poznać także technologię wypieku piernika od XIV do XXI wieku. W Muzeum Toruńskiego Piernika prezentowane są również piece – od zrekonstruowanego pieca z czasów średniowiecza, poprzez piece z przełomu XIX i XX wieku, po piec z XX stulecia. W sali surowców na parterze można poznać składniki ciasta piernikowego, dowiedzieć się, skąd pochodzą, jak wyglądają i jak pachną egzotyczne przyprawy do pierników oraz jakich narzędzi używa pszczelarz, by pozyskać miód. Zainteresowani zdobędą wiedzę, kim był bartnik, co to takiego „żarna” oraz na czym polega „leżakowanie” ciasta. W budynku unosi się aromat przypraw korzennych i wypiekanych pierników (ciasta do wypieku dostarcza Fabryka Cukiernicza „Kopernik” S.A.). Wiele miejsc zachęca do samodzielnych działań: piernikowy plac zabaw, sala baśni i legend, kącik dziecięcy z grami i zabawami to propozycje dla całych rodzin.
Wirtualna przebieralnia umożliwia dopasowanie historycznych kostiumów do każdej sylwetki. Muzeum Toruńskiego Piernika umożliwia przeniesienie się w czasie w XIX-wiecznym saloniku, a w położonej tuż za nim kuchni można przekonać się, jak wyglądał wypiek pierników w domowym zaciszu. Dociekliwi zajrzą do XIX-wiecznego sklepu z piernikowym asortymentem i porównają bogactwo opakowań ze sklepem z XX wieku. Wytrawni poszukiwacze znajdą okazję do „rozmowy” z właścicielem fabryki, zobaczą miejsce jego pracy i wysłuchają opowieści o słynnej fabryce rodziny Weese. Na zwiedzających czeka również klimatyczna klubokawiarnia, w której obejrzeć można bajkę z serii „Wędrówki Pyzy”. Dla nieco starszych przygotowane są archiwalne materiały z kronik filmowych przedstawiające pracę w toruńskiej fabryce pierników. Kolejną atrakcją jest samochód Żuk, służący dawniej do transportu pierników.