Zbiory sztuki sakralnej świadczą o wielokulturowej historii Jasła i regionu. Wśród nich na wyróżnienie zasługują rzeźby gotyckie, a szczególnie odnalezione w przydrożnej kapliczce w Osobnicy, św. Jadwiga Śląska i św. Małgorzata datowane na ok. 1390 r., jedne z najstarszych znanych rzeźb ołtarzowych średniowiecznej Małopolski. Nieco późniejszy jest Chrystus Zmartwychwstały ze zbiorów dra Kadyiego, pochodzący z okolic Krosna, datowany na 1520r. Matka Boża Bolesna i św. Jan z grupy Ukrzyżowania pochodzą kościoła w Brzyskach. Datowane na początek XVI w., są odległym echem Pasji w kościele św. Marka w Krakowie. Muzeum posiada również kilkanaście rzeźb barokowych z XVIII wieku. Prezentowane na ścianach sali obrazy sakralne, pochodzą głównie z prowincjonalnych warsztatów XVIII – XIX w.

zupełnieniem ekspozycji jest kilkanaście ikon, w tym siedem unickich ikon cerkiewnych datowanych na XVII i XVIII w. Najcenniejsza z nich to Pantakrator z 1635 r. Greckie słowo Pantakrator oznacza Pana Wszystkiego. Tradycja tego typu przedstawień sięga czasów wizerunków rzymskich imperatorów. Ukazuje Chrystusa w pełnej postaci, na tronie, z otwartą księgą Pisma Świętego i charakterystycznym gestem błogosławieństwa. Ikona ma wyrażać majestat i chwałę Boga Ojca i Syna jednocześnie. Datowana również na XVII w. Deesis symbolizuje modlitwę wstawienniczą. Kompozycja jest tradycyjnie trójdzielna z tronującym pośrodku Chrystusem w typie Pantakratora oraz Matką Bożą i i św. Janem w pozach orędowników wypraszających łaskę dla ludzkości. Chrystusowi towarzyszą aniołowie. Warta uwagi jest również XVII wieczna ikona przedstawiająca św. Mikołaja, jednego z najpopularniejszych prawosławnych świętych. Ukazany jest tradycyjnie jako starszy, brodaty mężczyzna, ubrany w biskupie szaty. Po bokach przedstawienia centralnego umieszczono osiem scen z życia świętego.

Ekspozycję sztuki sakralnej zamyka kolekcja judaików. Społeczność żydowska, dziś właściwie nieobecna, stanowiła przed wojną liczną grupę, liczącą około 25 %  mieszkańców Jasła i wywarła istotny wpływ na życie gospodarcze miasta. Kolekcja judaików przybliża w wielkim skrócie kwestie wiary i obrządków.