Nowoczesny obiekt, zabezpieczający pozostałości kościółka św. Mikołaja [?] – jednej z najwcześniejszych świątyń z tzw. serii kupieckiej, ulokowanej bezpośrednio przy ważnym szlaku handlowym, biegnącym od Pragi aż na Ruś Kijowską. Fundamenty kościoła odkryte zostały w 1958 roku. Był małą, jednonawową budowlą o wymiarach nawy 4,65 x 3,3 metra, z półkolistą absydą o średnicy około 2 metrów zwróconą ku wschodowi. Świątynia została rozebrana pod koniec XIII wieku najprawdopodobniej z polecenia biskupa Jana Muskaty, a materiał wykorzystano do budowy dormitorium. Istnieje przypuszczenie, że na miejscu kościoła powstała drewniana kaplica.
Podczas prac archeologicznych przy reliktach kościoła św. Mikołaja [?] w 1959 roku odsłonięty został obiekt zinterpretowany przez odkrywców jako hipotetyczna misa chrzcielna. Zdaniem badaczy miało to być materialne świadectwo przyjęcia chrztu ok. 880 roku w obrządku wschodnim. Współcześnie koncepcja baptysteryjnej funkcji „misy” została ponad wszelką wątpliwość odrzucona. Potwierdziły to badania archeologiczne z 2021 roku, które wskazują, że obiekt datowany jest na schyłek XI wieku.
Rezerwat archeologiczny w podziemiach bazyliki
W podziemiach bazyliki mniejszej zachowały się relikty dwóch świątyń romańskich. Pierwsza (starsza) świątynia romańska z kryptą ufundowana została przez księcia Henryka Sandomierskiego w połowie XII wieku. Kościół ten składał się z prostokątnej nawy, prawdopodobnie zawierającej emporę zachodnią, i z dwupoziomowej części prezbiterialnej na rzucie prostokąta o wymiarach 5,66 x 3,6 metra, zamkniętego półkolistą absydą o średnicy 3,9 metra. Świątynia została rozebrana w pierwszej połowie XIII wieku. Najbardziej prawdopodobną przyczyną było powolne osiadanie w grząskim terenie części muru północnego krypty.
Płyta orantów
Powierzchnię środkowej nawy krypty zajmowała rytowana jastrychowa posadzka z przedstawieniami figuralnymi, tzw. płyta orantów (1175–1177). Jest to najważniejszy zabytek Wiślicy i jednocześnie jeden z najcenniejszych na świecie przykładów sztuki romańskiej.
Długość dekorowanej posadzki wynosi 4,12 metra, szerokość – 2,44 metra, powierzchnia to około 9 m2. Przedstawione na niej postaci to najpewniej fundatorzy ze swoimi rodzinami: Kazimierz Sprawiedliwy wraz z żoną Heleną Znojemską oraz synami – Bolesławem i Kazimierzem, Henryk Sandomierski oraz niezidentyfikowana osoba duchowna (być może pierwszy prepozyt kościoła, biskup krakowski Gedko albo nawet Wincenty Kadłubek). Przez całą długość krawędzi wschodniej pola wschodniego biegnie inskrypcja w gipsie: HI CONCULCARI QUERUNT UT IN ASTRA LEVARI: POSSINT ET PARITER VE […] (Ci pragną być podeptani, aby mogli być wzniesieni do gwiazd i zarówno […]).
Drugą (młodszą) świątynię romańską wzniesiono około połowy XIII wieku. Mając na uwadze niestabilność gruntu, całość przesunięto bardziej w stronę zachodnią. Była to trójnawowa, beztranseptowa, czteroprzęsłowa bazylika o prostokątnym prezbiterium ujętym w dwie prostokątne kaplice, o dwuwieżowej fasadzie zachodniej. Interesującym elementem świątyni jest zachowana późnoromańska glazurowana posadzka ceramiczna pochodząca z części prezbiterialnej i nawowej, zdobiona rozetami, oraz relikty wież zachodnich wraz z profilowanym cokołem.
Na ekspozycji w podziemnym korytarzu powstałym w trakcie przebudowy muzeum, prezentowane są zabytki specjalnie sprowadzone do Wiślicy, ale przede wszystkim te wydobyte podczas prac archeologicznych prowadzonych w ramach modernizacji obiektu. Można tu zobaczyć historyczne poziomy budowlane, wątki kamienne i relikty odsłoniętych obiektów, drobne artefakty archeologiczne w postaci ceramiki, sprzętów i narzędzi metalowych, numizmatyki, pochodzące z prac badawczych wokół kolegiaty. Najnowsze techniki wizualizacji obiektów pozwalają zwiedzającym zobaczyć m.in. animację budowy bazyliki romańskiej i jej transformację do kolegiaty czy trójwymiarowe modele budowli i przedmiotów używanych przez naszych przodków od IX do XVI wieku.