Zasadnicza część ekspozycji poświęcona została okresowi okupacji niemieckiej 1939-1944. W tej części wystawy przedstawiliśmy niemiecki system okupacyjny w Polsce, dokonania Polskiego Państwa Podziemnego, różne formy walki, w tym akcje likwidacyjne na oprawcach z Pawiaka, życie więźniów, a także działalność konspiracyjnej siatki wewnętrznej utrzymującej stałą łączność między więzieniem a wolnością. Wiele prezentowanych dokumentów, zwłaszcza ukazujących światowe echa na wydarzenia w okupowanej Polsce, a nawet na Pawiaku, jest pokazywanych po raz pierwszy.

Do zobrazowania treści merytorycznych posłużyliśmy się ikonografią, prasą, wydawnictwami konspiracyjnymi, dokumentami, plakatami, obwieszczeniami władz okupacyjnych, mapami i szkicami oraz powstałymi w więzieniu pamiątkami, wierszami i rysunkami. Zgodnie z założeniami projektu na wystawie zostały zastosowane duże powiększenia fotograficzne i kserograficzne, tak aby małe i często zniszczone dokumenty więzienne, fotografie oraz powstałe nielegalnie w więzieniu rysunki w sposób wyraźny wyodrębnić z powierzchni wystawienniczej, żeby mogły odpowiednio oddziaływać na widzów.
W sali poświęconej okresowi okupacji dominują wielkoformatowe powiększenia dzieł Bronisława Wojciecha Linke, większość z nich pochodzi z cyklu „Kamienie krzyczą”. Specjalnie wyeksponowano pełen bólu, patosu i ekspresji rysunek Powrót przedstawiający człowieka klęczącego z nisko pochyloną głową przed ruinami Pawiaka. Na ścianach zawieszono powiększenia wierszy w języku polskim i angielskim. Z lewej strony od wejścia usytuowano mapę graficzną Warszawa w latach 1939-1944. Na pionowych planszach umieszczono nazwy miejsc straceń więźniów Pawiaka i obozów koncentracyjnych, do których byli oni wywożeni.
W końcu sali na zrekonstruowanym fragmencie czerwonego ceglanego muru ulokowano symboliczny fryz tysiąca fotografii – 1% osadzonych tutaj w okresie okupacji więźniów.

Pobyt na Pawiaku był dla większości więźniów etapem przed wysłaniem do obozu koncentracyjnego lub na egzekucję, dlatego znaczny fragment ekspozycji poświęciliśmy temu zagadnieniu. Ostatnie sekwencje wystawy to likwidacyjne transporty więźniów do Ravensbrűck i Gross-Rosen, Powstanie warszawskie, Zburzenie Pawiaka – 21 sierpnia 1944 r., Procesy zbrodniarzy, w końcu uroczyste otwarcie Muzeum Więzienia Pawiak – 28 listopada 1965 r.