Wystawa główna opowiada w sposób chronologiczno-tematyczny dzieje Podgórza oraz terenu, na którym ukształtowało się miasto, od czasów najdawniejszych, legendarnych, aż po współczesność. Zwiedzając kolejne sale widz poznaje najważniejsze postaci, które tworzyły kulturowy dorobek Podgórza, jego samorządność i tożsamość miejsca.
Każdy z gości może wybrać dogodny dla siebie sposób zwiedzania. Opisy eksponatów oraz opisy stref uzupełnione są nagranymi komentarzami, tzw. magazynami wiedzy, oraz relacjami świadków. Historii mówionej można posłuchać przez słuchawki w wybranych punktach wystawy, a na końcu zwiedzania (sala IV) zapoznać się z filmowymi wersjami wszystkich relacji. Można też skorzystać z narracyjnej ścieżki zwiedzania z audioprzewodnikiem. Osoby z dysfunkcją wzroku mogą posłuchać ścieżki z audiodeskrypcją, a osoby z dysfunkcją słuchu poznają wystawę w tłumaczeniu na Polski Język Migowy. W każdej sali jest także coś ciekawego dla najmłodszych zwiedzających: interaktywne zabawy, zagadki, miejsca niezwykłe, w których dzieci mogą poznać różne, nieraz zaskakujące, aspekty historii i tradycji miasta. Wiedzę zdobytą na wystawie można rozwijać i pogłębiać w Alchemii Miasta.
Wystawa opowiada o historii i fenomenie Podgórza – miasta wielokulturowego i wielonarodowościowego, o jego spektakularnym sukcesie przemysłowym, a także o jego mitologii i warstwie legendarnej.
W założeniu autorów wystawa ma się zmieniać, ma być uzupełniana. Będą się pojawiały nowe eksponaty, nowe relacje świadków, nowe komentarze, dzięki czemu można będzie tu wracać wielokrotnie i wciąż odkrywać coś nowego.
Wystawa stała zajmuje parter budynku – cztery sale i sień oraz salę na poziomie -1, o łącznej powierzchni około 294 m kw.

Tematyka sal
Sala I: Między Wisłą a górą św. Benedykta
Sala II: Królewskie Wolne Miasto Podgórze
Sala III: Ku wolności
Sala IV: Czas Podgórza

Partnerzy
Partnerem wystawy Miasto pod kopcem Kraka jest Archiwum Narodowe w Krakowie. Partnerem Muzeum Podgórza jest Kopalnia Soli „Wieliczka”.
Przedsięwzięcie prowadzone było w ramach zadania inwestycyjnego „Muzeum Podgórza – oddział Muzeum Historycznego Miasta Krakowa – adaptacja nieruchomości przy ul. Powstańców Wielkopolskich 1 w Krakowie w celu utworzenia Muzeum Podgórza”, realizowanego przez Muzeum Historyczne Miasta Krakowa wspólnie z Gminą Miejską Kraków.
Partnerem wystawy jest: Archiwum Narodowe w Krakowie.

Autorzy scenariusza
Melania Tutak, Katarzyna Bury, Elżbieta Firlet, Piotr Opaliński, Robert Gaweł, Małgorzata Międzobrodzka

Zespół projektowy
Kierownik projektu: Zuzanna Miśtal
Kurator wystawy: Elżbieta Firlet
Zastępca kierownika projektu, asystent kuratora, kierownik Oddziału MHK „Muzeum Podgórza”: Katarzyna Bury
Multimedia – Wojciech Wilusz
Koordynator projektów graficznych – Bartłomiej Woch
Koordynacja procesu inwestycji – Maria Makarewicz
Redakcja wydawnictw – Marcin Baran
Promocja – Anna Kandzior-Zug