Wystawa stała w Aptece pod Orłem mieści się na terenie dawnego getta i upamiętnia Holokaust krakowskich Żydów oraz postać Tadeusza Pankiewicza, Sprawiedliwego Wśród Narodów Świata.

Bazą scenariusza wystawy są wspomnienia Tadeusza Pankiewicza, właściciela apteki i świadka wydarzeń, opublikowane po raz pierwszy tuż po wojnie w książce Apteka w getcie krakowskim. Ekspozycja zajmuje wszystkie pomieszczenia dawnej apteki, a pierwotne funkcje użytkowe poszczególnych sal stanowią bazę do analizy wątków z historii getta, postaci Tadeusza Pankiewicza oraz pracujących z nim Ireny Droździkowskiej, Aurelii Danek-Czortowej i Heleny Krywaniuk.

W izbie ekspedycyjnej zwiedzający pozna historię miejsca i ludzi, w sali recepturowej odkryje różnorodne recepty na przeżycie w rzeczywistości getta, w pokoju dyżurnym spotka Tadeusza Pankiewicza, świadka i kronikarza Zagłady, w materialni poczuje atmosferę Apteki jako miejsca spotkań i schronienia dla mieszkańców getta. Wreszcie w laboratorium zmierzy się z powojenną historią pamięci i niepamięci o krakowskich Żydach.

Personel apteki był w latach 1941–1943 świadkiem dokonywanego przez okupanta aktu niszczenia wielowiekowej historii krakowskich Żydów. Zasługą Pankiewicza i jego współpracownic jest to, że nie pozostawali obojętni na ludzkie cierpienie, udzielali pomocy potrzebującym, a po wojnie świadczyli o tragicznych wydarzeniach, które rozegrały się w krakowskim getcie.

Wystawa Apteka Tadeusza Pankiewicza w getcie krakowskim składa się z sześciu części prezentowanych w dawnych pomieszczeniach aptecznych. Niestety, po likwidacji apteki w latach 60. XX w. zniszczeniu uległo także jej wyposażenie. Meble, sprzęty i naczynia apteczne, które znajdują się obecnie w muzeum, zostały zrekonstruowane na podstawie zachowanej dokumentacji i relacji świadków. Autorzy ekspozycji starali się jak najwierniej oddać charakter wystroju apteki Pod Orłem, a obok rekonstrukcji prezentowane są oryginalne przedmioty z epoki oraz kilka odnalezionych obiektów, pochodzących z dawnej apteki Pankiewiczów. Uzupełnienie aranżacji stanowią filmy, prezentacje multimedialne, zdjęcia i dokumenty związane z historią apteki oraz historią getta i Zagłady Żydów krakowskich. Autorzy oparli się na wspomnieniach Tadeusza Pankiewicza Apteka w getcie krakowskim, relacjach z czasów Zagłady zgromadzonych w archiwach Żydowskiego Instytutu Historycznego im. Emanuela Ringelbluma w Warszawie, Instytutu Yad Vashem w Jerozolimie oraz innych wspomnieniach, pamiętnikach i świadectwach tego czasu, jak również notacjach audio i wideo.

Podstawowym kluczem do poznania wystawy jest sama apteka, odtworzony układ jej wnętrza. Miejsce, meble i sprzęty apteczne stanowią nośniki informacji, za pomocą których zwiedzający dociera do kryjącej się w nich historii. Tak jak najważniejsza działalność apteki w czasie wojny odbywała się w ukryciu, tak teraz zwiedzający musi wykonać pracę polegającą na odszukaniu właściwych treści. W szufladach mebli aptecznych została ukryta część informacyjna wystawy: eksponaty, zdjęcia i dokumenty. Odnalezienie ich, zestawienie z własną wiedzą i pamięcią o tym czasie jest zadaniem widza.

Nowa wystawa w Aptece pod Orłem to także program badawczy, wydawniczy i edukacyjny realizowany przez muzeum. W jego ramach wydany został komiks o historii apteki, biografia Tadeusza Pankiewicza oraz historia medycyny w getcie.

Apteka pod Orłem stanowi wreszcie bardzo ważny element muzealnej Trasy Pamięci 1939–1956, którą rocznie zwiedza kilkaset tysięcy osób z całego świata. Projekt realizowany w Aptece zamyka proces tworzenia i rewitalizacji ekspozycji muzealnych w oddziałach znajdujących się na Trasie Pamięci, a równocześnie otwiera pole do działań edukacyjnych, naukowo-badawczych i wystawienniczych związanych z historią Krakowa czasu okupacji niemieckiej i okresu powojennego.