Potrzebę utworzenia Muzeum Etnograficznego dostrzeżono już w 1910 r., kiedy podczas obchodów rocznicy Grunwaldu zorganizowano pierwszą wystawę etnograficzną, która stała się najbardziej znamiennym rysem obchodów w tym mieście. Zaczątkiem zbiorów etnograficznych były przedmioty zgromadzone na tej wystawie (makiety budownictwa i wyposażenie wnętrz mieszkalnych, stroje i hafty, narzędzia rolnicze i wyroby kowalskie). W 1935 r. zostały przekazane nowo powstającemu Muzeum Regionalnemu Ziemi Rzeszowskiej. Także pierwsze fundusze przeznaczono na gromadzenie zabytków etnograficznych. Pracę przy tworzeniu muzeum powierzono Franciszkowi Kotuli, znanemu z zainteresowań kolekcjonerskich, którą obok pracy nauczycielskiej, wykonywał społecznie. W pierwszym okresie zgromadzono wspomniane już zabytki etnograficzne, a także archeologiczne, historyczne oraz archiwalia.

Przypuszcza się, że do 1939 roku zgromadzono ok. 700 eksponatów etnograficznych. Franciszek Kotula, wspólnie z Towarzystwem Regionalnym Ziemi Rzeszowskiej, zgromadzone zbiory przechowywał w szkole im. Adama Mickiewicza w Rzeszowie (przy ul. Bernardyńskiej 4) i jako nauczyciel historii wykorzystywał je w pracy dydaktycznej. W 1940r. zbiory zostały przeniesione do kamienicy przy Rynku, która była później pierwszą siedzibą muzeum rzeszowskiego. Utworzenie Muzeum Okręgowego w Rzeszowie w 1950r. i upaństwowienie zbiorów w 1952 roku pozwoliło w pełni realizować cele i zadania stawiane placówkom muzealnym. W początkowym okresie funkcjonowania profil zbiorów muzeum kształtował się pod wyraźnym wpływem osobowość długoletniego dyrektora F. Kotuli, a jego indywidualne zainteresowania znalazły odzwierciedlenie w działalności naukowo-badawczej i wystawienniczej muzeum oraz w licznych publikacjach i przedsięwzięciach kulturalno-oświatowych. Powstało wówczas archiwum zawierające różnorodne materiały etnograficzne dotyczące przeszłości regionu, a więc teksty wywiadów z najstarszymi mieszkańcami wsi, fotografie, rysunki i nagrania magnetofonowe.

W połowie lat 50-tych Muzeum Okręgowe przeniosło się do nowej siedziby – popijarskiego budynku przy ul. 3 Maja. Dział Etnograficzny otrzymał trzy sale ekspozycyjne, łącznie ok. 80m2 powierzchni. Stało się wówczas możliwe prowadzenie planowej działalności wystawienniczej. W 1964 r. udostępniono pierwszą stałą wystawę ludowego stroju Lasowiaków i Rzeszowiaków. W 1966 r. w refektarzu otwarto dużą wystawę dawnej rzeźby ludowej. Cieszyła się ona sporym zainteresowaniem zwiedzających, ale ówczesne władze polityczne zaleciły jej likwidację, ze względu na wystawione tam rzeźby ludowe, które uznano za element „propagandy religijnej”.

Przez kolejne lata systematycznie wzbogacano kolekcję etnograficzną. Sprzyjały temu również organizowane konkursy sztuki ludowej, w których wzięło udział kilkuset twórców z terenu województwa rzeszowskiego. Najlepsze z prac nadesłanych na konkursy – rzeźby, obrazy, ceramika, przykłady plastyki obrzędowej- kupowano do muzeum. W latach 60-tych i 70-tych zgromadzono blisko 3500 przykładów współczesnej sztuki ludowej.

Wieloletnie starania F. Kotuli, a następnie kolejnego dyrektora muzeum Tadeusza Aksamita, o przeznaczenie dla zbiorów etnograficznych odpowiedniego budynku zostały uwieńczone sukcesem dopiero w 1989 r.. Od 1989 r. funkcjonuje Muzeum Etnograficzne im. F. Kotuli jako oddział Muzeum Okręgowego. Mieści się w kamienicy nr 6 przy rzeszowskim Rynku.