Zbiory Muzeum liczą ponad 2 miliony okazów. W ostatnich latach wzbogaciły się o cenne darowizny m. in. kolekcję bursztynu (dar Jacka Serafina), kolekcję minerałów i skamieniałości (dar prof. Zbyluta Grzywacza), zbiór wulkanitów (dar Zygmunta Holcera). Muzeum Przyrodnicze ISEZ PAN wywodzi się z Komisji Fizjograficznej Towarzystwa Naukowego Krakowskiego powstałej w 1865 r.