Muzeum mieści się we wnętrzu dawnego klasztoru cystersów (1186 –1831), od 1957 roku użytkowanego przez Gdańskie Seminarium Duchowne. W sezonie letnim udostępniona jest najcenniejsza zabytkowa część klasztoru, pochodząca z końca XIII, z XIV i XV w., niegdyś objęta całkowitą klauzurą. Uroczystego otwarcia muzeum dokonał biskup Krakowa - ksiądz kardynał Karol Wojtyła i biskup Diecezji Gdańskiej...