Muzeum posiada w swoich zbiorach książki autorstwa pracowników Wydziału, pamiątki po pracownikach (notatki, przemówienia, skrypty wykładów, rzeczy osobiste) oraz zabytkową aparaturę pomiarową i szkło laboratoryjne.

W zrekonstruowanych wnętrzach "Wieży Ratuszowej" w przyziemiu znalazły się zbrojownia, piętro wyżej, natomiast na II kondygnacji - Ława Miejska - miejsce narad rajców miejskich oraz prowadzenia drobniejszych spraw sądowych - tzw. roków. Kolejne piętro zajmuje dziś skarbiec miejski z wagą mniejszą, poddasze kryje zaś zabytkowy mechanizm zegara. Historia W kronikach Jana Długosza można...

W Pałacu Opatek prezentowana jest wystawa stała „Centrum Wyszkolenia Kawalerii w Grudziądzu 1920-1939”.

Od 19 maja 2023 r. dostępna jest ekspozycja stała poświęcona twórczości toruńskiej artystki Krystyny Szalewskiej-Gałdyńskiej. W swojej ostatniej woli, artystka przekazała Diecezji Toruńskiej swoje prace oraz mieszkanie znajdujące się w przy ul. Szerokiej 9 w Toruniu. Jeż życzeniem było, aby kolekcja nie uległa rozproszeniu i została udostępniona szerszej publiczności.

W dawnych halach produkcyjnych Kujawskiej Fabryki Maszyn Rolniczych KRUKOWIAK powstało Muzeum Techniki Rolniczej i Gospodarstwa Wiejskiego. Są w  nim eksponowane zbiory zgromadzone przez Janusza Borkowskiego oraz jego synów. Ekspozycja w znacznej części składa się z darów mieszkańców Redcza Krukowego i okolic.

Koniec lat dziewięćdziesiątych i początek XXI wieku to dla Ogrodu czas szybkiego rozwoju. Wybudowano nowy pawilon z ekspozycją ptaków egzotycznych (2002), woliery dla ptaków grzebiących oraz wybiegi dla rysi i surykatek. Wyremontowano także herpetarium w Willi Laegnera, gdzie utworzono nowe pomieszczenia z ekspozycją pazurkowców. W 2006 roku Ogród złożył wniosek o przystąpienie placówki do...

Ogród Zoologiczny w Bydgoszczy otwarto w 1978 roku. Obiekt zajmuje 14 hektarów. W ogrodzie mieszkają 1462 zwierzęta (215 gatunków).